In opdracht van de Vlaamse overheid, ontwikkelt de VWVJ richtlijnen voor een kwaliteitsvolle uitvoering van de JGZ. De richtlijnen zijn wetenschappelijk onderbouwd.
In september 2005 kreeg de Standaard Vaccinaties het fiat van de overheid. Een volledige herziening is afgerond in maart 2013. In juli 2019 gebeurde een update mede n.a.v. het nieuwe decreet leerlingenbegeleiding (2018).
